А что должно измениться, если вы действуете так-же.
У вас два раздела на диске, если они оба у вас имеют тип primory (Основной раздел), то можно вручную поменять их номера - первому дать - 2, а второму - 1. Сделать это можно в программах для работы с разделами HDD.
Тогда второй раздел диска будет системой восприниматься как первый.
После этого можно будет ставить систему, тогда она у вас окажется на диске с буквой С, хотя физически это будет второй раздел на диске.
Но я бы на вашем месте просто переразбил нормально диск и не мучался.
Сделайте первый раздел 8-16 гиг только под систему, а остальное бейте как хотите.