Если речь о живом проекте, то здесь, действительно, было бы правильней полностью переписать программу на платформо-независимых языках и библиотеках. Сейчас возможных решений полно.
Всё таки было бы лучше, если бы Вы рассказали побольше о проекте в плане того, какие именно библиотки используются и насколько код привязан к платформе? Под какой Линукс (или какой Юникс) надо портировать? Какими средствами можно пользоваться, а какие в принципе неприемлимы? Всё это с оглядкой на потенциальное развитие проекта в будущем, чтобы не занести ошибки молодости на ранем этапе
.