Представьте, на одной общей территории (квартира) приходиться уживаться трем разным биологическим видам: собака, кошка и человек, чего в дикой природе не случается. Собака и кошка живут в одном доме благодаря человеку, который для них являются вожаком, кормильцем и защитником. Естественно, первому жильцу (кошке) теперь необходимо поступиться частью своих прав на еду, уют и защиту получаемую от человека. Поэтому кошка проявляет агрессию пытаясь выдворить чужака посягнувшего на ее законную вотчину. Пока не установиться своеобразная иерархия в доме, между животными, конфликты будут продолжаться, обычно они тянуться от нескольких дней до месяцев, потом условно разграничивается территория и наступает перемирие. Чаще всего кошка занимает верхний ярус (диван, полки, шкафы), а собака обитает внизу, позднее границы стираются и животные могут вместе спать и есть из одной миски. Необходимо дать питомцам время, от вас требуется разграничить место приема пищи, отдыха и туалет, конечно не допускать кровопролития. Хорошо описал данную проблему Конрад Лоренц "Человек находит друга", рекомендую.