ДА, я все понимаю, програмная нейтраль, неперерезанная петля, неправильная установка и т.д.
Но, господа, для того что бы поставить на автозапуск, не важно какая коробка, нужно выполнить определенную последовательность действий, как писалось выше, Но там нужно выйти из машины с РАБОТАЮЩИМ двигателем (РКП), потом нажимаем волшебную кнопку, машина закрывается и потом только глохнет. В любом случает авто стояло на нейтрали. Можно предположить, что после этого машину еще раз открывали, не заводили, поставили на передачу закрыли и ушли. Скорее всего сам хозяин или вторые ключи...
Еще вариант, сбросились настройки сиги, и она встала для АКПП.
Хозяит в любом случае знал что машина на автозапуске, собирался заводить. Ищите кто включил передачу.