ИМХО физтеха.
В обсуждаемом рейтинге сабжевого ВУЗа - НИЯУ МИФИ нет. Могу сказать следующее из своего опыта многолетнего общения или совместных работ с выходцами (десяток человек) из Т-факультета МИФИ в основном из поколения 50х годов рождения - очень приличный уровень. В смысле медианного среднего, думаю, на уровне выпускников МФТИ того же поколения.
В близких мне поколениях 60х и 70-х г.р. разница в пользу МФТИ была значительной в смысле медианного среднего, хотя собственная выборка со стороны МИФИ у меня мала, но сомнений мало. Особенно сильна разница если сравнивать верхние три десятка - все же теоргруппы Института имени Ландау в Черноголовке, Гинзбурга в ФИАНе, в ИТЭФ, собирали удивительно сильных ребят. Что не отменяет единичных ребят экстра-класса из Т-факультета МИФИ.
80-е г.р. - тут моя выборка со стороны сабжевого ВУЗа шире. Снова Т-факультет и Высший физический колледж МИФИ. Уровень близок к медианному МФТИ, особенно для колледжа.
90-е г.р. Снова отрежем экстремумы типа базовой кафедры МФТИ в ИТФ в Черноголовке. Уровень сильно сблизился. Люди с разных базовых институтов не видят существенной разницы. Мой опыт связан с общением и фильтрацией людей на: 2х кафедрах МФТИ - фундаментальные взаимодействия и космология ФПФЭ и физика взаимодействия излучения с веществом ФОПФ, фильтрации людей (и лекционных курсах) для Т-факультета МИФИ + высшей школы физиков МИФИ-ФИАН. Повторю, уровень близок.
СПбГУ- физфак. Знаю очень сильных ребят, и экспериментаторов, и теоретиков из поколения 60 г.р., работают в питерском Физтехе и ПИЯФ. Они либо преподают на физфаке СПбГУ, либо набирают аспирантов оттуда. 90-е г.р. они оценивают очень низко (в среднем). Добирали в аспирантуру людей из областных центров РФ - уровень в целом не ниже оказался для той выборки.
Что касается Новосибирска - плавали, знаем и их.
Мой вывод: МИФИ (ряд факультетов) можно смело в ряд МФТИ - МГУ- НГУ - СПбГУ ставить.