Есть несколько способов.
1) Видимо наиболее простой. Вставить в файл ~/.fluxbox/startup (перед exec fluxbox) такую строчку:
setxkbmap -layout "us,ru(winkeys)" -model "pc105" -option "grp:menu_toggle"
Переключение раскладок будет по клавише Menu.
Можно установить индикатор xxkb, который хорошо...